医療法人とは、「病院、医師もしくは歯科医師が常時勤務する診療所又は介護老人保健施設を開設することを目的として、医療法の規定に基づき設立される法人」のことをいいます。医療法人はその形態によって大きく「社団医療法人」と「財団医療法人」とに分類されますが、大多数は「社団医療法人」に該当します。また、社団医療法人にも以下のような様々な種類が存在します。

社団医療法人の類型

医療法人には代表取締役、監査役、株主等と呼ばれる人はいませんが、それに代わるものとして、理事長、監事、社員等が存在しており、基本的な仕組みは株式会社の仕組みとよく似たものとなっています。しかし医療法人はその業務の特殊性から税制において以下のような様々な特徴を有しています。

留保金課税の適用なし

医療法人は通常の法人とは異なり営利性を求めて活動することを予定されていないため、医療法上、医療活動によって生じた利益を社員等に配当することは禁止されています。そのため、普通法人の留保金課税のように、医療法人の内部に留保されている利益に対して特別税率が適用されることはありません。

概算経費率の適用あり

社会保険診療報酬の受取額が５,０００万円以下である医療法人の場合は、法人税を計算する際に概算経費率を用いて必要経費を算定することができます。

法人事業税の特例

医療法人は法人税の計算では普通法人と同様の税率が適用されますが（特定医療法人は上述通り特例があります）、法人事業税の算定については特別法人の税率が適用され、外形標準課税の対象からも除外されています。また、社会保険診療報酬については法人事業の課税はありません。

受け取る消費税が少ない

医療法人の売上の多くを占める社会保険診療報酬は、消費税の非課税売上となります。そのため、支払った消費税の金額に対して受け取った消費税の金額の割合が少なく、消費税の計算においては課税売上割合を用いて、支払った消費税の金額を調整する必要があります。

特定医療法人の特例

その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与している等、国税庁長官の承認を受けた場合には特定医療法人となることができます。普通法人の法人税率（年８００万円超の部分）が２５.５％であるのに対し、特定医療法人の場合は１９％に軽減されています。

医療法人はこの他にも様々な税制面の特例があります。これらの特例のほとんどは医療法人の事業の性質を勘案した優遇措置であるため、うまく活用することで大きな節税が可能です。

しかし、普通法人と異なるため、依頼する税理士によっては十分な対応をしてもらえない可能性もあります。そのため、医療法人を得意とする税理士を探すことが大切です。

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